Desde su fundación y en sintonía con el proceso de la Iglesia latinoamericana, abierto con el Concilio Vaticano II (1962-1965) y la 2° Conferencia General del Episcopado Latinoamericano en Medellín (1968), los docentes del Departamento ubican su reflexión en el campo de la Teología de la Liberación y están dedicados a profundizar sobre la perspectiva de la opción preferencial por los pobres en los textos bíblicos, el magisterio de la Iglesia universal y latinoamericana, la práctica pastoral de las comunidades y movimientos cristianos, y el pensamiento contemporáneo.
El Concilio Vaticano II (1962-1965) es un acontecimiento que ha significado un proceso integral de renovación de la vida de la Iglesia y de la teología a la luz los desafíos del mundo contemporáneo. El estudio de su recepción en el proceso histórico de la Iglesia peruana es una línea de investigación de algunos de nuestros docentes. A través de un diálogo interdisciplinario entre la teología y la historia, se busca documentar y reflexionar sobre las maneras en que el espíritu y los textos del Vaticano II han sido apropiados en el ámbito eclesial local y han dado forma al pensamiento teológico, experiencias pastorales e historias de vida.